《释名·释书契》：“检，禁也。禁闭诸物使不得开露也。”《检论》取名，显然就是根据这个意思。这是一部身在幽囚之中的著作，这是一部所有政见时论都被禁止发抒时的著作，这是一部袁世凯专制统治的淫威之下产生的著作。章太炎深明环境的险恶，所以，在这部著作中尽可能地写下他在学术上的新见解，特别是经过痛定思痛的沉思，他对辛亥革命成果被篡夺、中华民国被糟蹋所做的总结。
《检论》正文六十篇，附录七篇。卷一《原人》、《序种姓》、《原变》，专论人类和中华民族的起源。卷二《易论》、《尚书故言》、《六诗说》、《关雎故言》、《诗终始论》、《礼隆杀论》、《辨乐》、《春秋故言》、《尊史》、《征七略》共十篇，其中七篇俱新增，另三篇较《訄书》略有改动，这一组文章，专论“六艺”本旨，坚持夷经于史。卷三《订孔》、《道本》、《道微》、《原墨》、《原法》、《儒侠》、《本兵》、《学变》，大半亦重新写定，《订孔》、《原法》、《儒侠》，非但不同于《訄书》，亦不同于1910年修治本改稿，这一组文章，专论周、秦、两汉诸子学说。卷四《案唐》、《通程》、《议王》、《许二魏汤李别录》、《哀焚书》、《正颜》、《清儒》、《学隐》，大多为旧稿，改动多少不一，分别论述了唐、宋以来思想学术的变迁。卷五至卷八，除《正议》、《对二宋》为新增外，其他各篇多据《訄书》旧作改定，分别论述了近代民族语言文字、共同心理状态、法律、行政、经济建设等方面的问题。卷九包括《非所宜言》、《商鞅》、《思葛》、《伸桓》、《小过》、《大过》、《近思》七篇，除《商鞅》为《訄书》旧稿、稍有改动，《思葛》系据《正葛》增补外，其他五篇，全属新撰。在这些篇章中，章太炎回顾了辛亥革命以来政治形势演变的历程，对革命失败的经验教训做了有相当深度的总结。
《检论》并非遁世消极颓唐之作。书中以大量篇幅深刻揭露了袁世凯帝制自为的野心，猛烈抨击了袁世凯腐朽黑暗的专制统治。无论是新撰写的许多文章，还是对旧文所做的修改，都具有鲜明的针对性。
在新撰写的《大过》、《非所宜言》等文中，章太炎对袁世凯的暴虐统治给国家带来的严重危害做了充分的估计。他指出：“夫忮心成于内，而奸横于外，暴察亟行，死亡五日，则人人不为卒岁之计，逮乎民心骚离，邻国责言，国之存亡，中人不能保以五稔。”他愤慨地指出：“今处朝位而自盗其所监守，公取其所羡余，诈令蜂出，誓言不信，裨贩之庸犹不为也。或乃羑人乐输，阴相劫制，虚作纸币，高下其直。曲法以弛蒱博，而官收其赢；称贷外国，而己挹取其利；谖言以兴农工水利，集人之资，而己以高位专制之；苟朝士尚守市井之行，其蠹犹不如是甚也。”为害比之尤烈的，是那些“亡国所遗从政之士”，这是一些“斗筲之才”，“其志固未有善败利害也，偷在眴息，不恤壶漏，倾移以后，苟可以干没者，虽亡邦邑，他日愿为敌国隽俘而已矣。非徒不恤其国也，虽身亦自外之”。针对袁世凯党羽所制造的袁世凯不是依靠革命上台，而是实际借助“禅让”从清廷手中接过国家权力的种种奇谈怪论，章太炎专门写了《正议》一文，详细考察了“禅让”的历史渊源及其不同历史条件下的不同本质，然后做出结论说：“乃夫晚世所谓禅让者，犹两寇相袭也。黜其魁帅，而任其小嫡，其贼民乱化则如故。故诸所共政者，皆前代窃位败政逋臧之余，飞廉、恶来之亚也。校课赢绌，与旧朝未有以相胜。”而这一结论，也正是章太炎对袁世凯政府所做的估计。基于此，章太炎断言：“循今之俗，前世所谓土崩瓦解者尚不可以幸致也，直如鱼烂而已矣。”
章太炎痛切地感到，旧社会遗留下来的各种腐败专制势力，盘根错节，充斥于国中，一步步重新把持了国家政权，这正是问题症结之所在。回顾武昌起义以来革命发展的历程，他认识到，正是由于胜利来得过分容易，人们忽略了给旧社会种种腐败专制势力以毁灭性打击的任务，使“革命改制”大业半途而废，方才导致如此严重的后果。就此，他写道：
事孰有大于革命改制？前世之创业者，或连兵一纪，死人多于枲蕉，直其罢极，而后收之，其旧朝贪人恶吏未有不诛也。今倡义不过四月，天步遂夷，而致届不及墨吏。人民见其成功之易，其他小事，谓愈可以侥幸得之。墨吏以曩日不刑诛，以为贪残不足以丧望实……其侮事偷得又宜也。
先前，他曾经天真地以为那些旧军阀、旧官僚、旧立宪党人一个跟斗就可以翻成革命党，惨痛的事实使他觉悟到，自己完全错了。自己过去信任这些人，甚至迁就这些人，主动迎合他们某些要求与愿望，更是完全错了。在对待这些人问题上，采取“侥幸”即机会主义的态度，就不能不受到历史的惩罚。这是痛苦的教训，也是严酷的现实。就此，他又写道：
废兴之际，玉步可改，裳服可变也。其故吏亲媚者，天性狃为附庸小腆，染于亡国旧污，而不与玉步、裳服偕亡。不刚制则不去。所以说其主者万耑，非为惠中国、扞四裔也。外侮于强敌，而内犹劫持其民，多为牙以自保，固民以失职，莫申其性。
正是基于这样的认识，章太炎在全部重新写过的《儒侠》一文中，特别颂扬了先秦时代的侠士盗跖，赞许他“聚齐甿以九千人，横行天下，所过大国守城，小国入保，故君位可替，而军实可夷。事绪未成，死犹欲与六王五伯决于地下，是申伯夷之志者”，并具体分析说：“是时臧孙为政，国祀爰居，家宝元龟，营于祥，以假威宠，非跖莫能破其神道诞妄，《鲁颂》之篇，以扬僖公，非跖无以弹其淫名，妾织蒲而民利夺，六关置而行旅梗，非跖则不均平通达也。此皆为害细微，而智者因以感激。”盗跖是数千年的历史人物，请出他的亡灵，正是希望能走盗跖的道路，去扫荡旧社会留下的种种腐败专制势力。为此，《儒侠》篇特别强调：“见微以知著，依今以知始终，其道甚大。”章太炎已经意识到，袁世凯一伙的猖獗，正是由于革命的不彻底没有给他们以有力的扫荡，反让他们披上一件革命外衣，钻到新的民国共和政权中来为所欲为。然而，章太炎并不想真正依靠与发动最广大的民众，他没有这样的认识，更不知如何去依靠与发动民众，去完成扫荡形形色色腐败专制势力的任务。他仍寄希望于少数侠士，幻想出现盗跖一类英雄人物来扭转乾坤，这就注定了他必然要继续碰壁。
民国为袁世凯所篡夺，共和为袁世凯所破坏，也暴露了革命党人自身的弱点与问题。《检论》对此也做了总结。清朝末年，倡导革命者就人数而言并不算多，然而，他们“虽明殊情，狂狷异行，皆能艰难其身，以为表仪，蒙霜露，涉波涛，乞食囚絷而不愠悔”，加上“清政不纲，丧师踧地”，致使“士民感慕，趣义日广，覆清之声，洋溢中外”。武昌起义之初，就军事力量而言，南军并非北军之敌，然而，革命者还是奠定了胜利的基础，原因何在呢？《检论》的回答是：“赖其上下睦，军不骚动，民忘其死，直岸抗兵，而郭中市肆不变，绩妇奉壶以野战，翁媪稚子候门而舍番休之兵，诸生在学校者年不及冠，而皆奉械注丸，争死前敌。”依靠的正是上下一心，军民一体，同仇敌忾，宁死不屈，无畏地与敌人战斗。在这之后，形势便逐步逆转，从革命者主观方面去寻找原因，就是因为渐渐丢掉了这些可贵的精神与传统。临时政府初建，便“上下触啎，恶声日腾”，特别是南京方面与武昌方面，竟“华为两戍，战不相问，盟不相咨”，这与昔时共同浴血奋战已难比较，其后，革命队伍急速扩大，“旧时数年之所纠合同志，率不过二千，一朝求附丽为徒属者，日莫簿阅，署名几五千人”，这就不免泥沙俱下，鱼龙混杂，在这一情况下，一些革命同志“得志之顷，造次忘其前事，向之自相匡督与夫感慨自裁之节，皆忽略以为游尘，直道殣视之矣”，他们“宅京稍久”，便不可避免地要“渐益染其淫俗”，而这反过来便又使得“向者茸技之官，奔亡之虏，游食于北都者”，得以“乘其阽危，阳与为好，而阴蠹害其事”，结果，致使“盟约败解，人自相疑，丑声彰于远近，而大势崩矣”。回顾这段历程，章太炎感慨万分地写道：“今先时创谋者，虽颇凋丧，其他或以小器易满，不能知忧思。而涉变复知患难者，尚四五人。诚令迫迹前事，念始谋之不易，与一身颠沛屏营之状，宜有俶焉动容潜焉浥涕者矣！”他希望幸存的所有革命领导人，认真吸取以往的经验教训，以身作则，艰苦奋战，同心同德，增强团结，发扬旧日的光荣传统。他相信，这样做，或可使革命者避免重犯“侮唇齿之援，弃同德之好，远忧勤之人，而任扰之士”的错误，使革命重振昔日的声威。
《客帝匡谬》、《分镇匡谬》、《解辫发》等名篇被刊落，许多旧作被大幅度地进行了修改，一个重要的动机，就是加强《检论》这部著作的现实针对性。
比如，《商平》一文，是据《平等难》改成。原文中“君臣之权非平等，而其褒贬则可以平等”等保留君主制度的说法，在《商平》中被全部删除。《商平》还特别增写了一大段，强调“事之宜平者，独有君臣，诚不宜世及相授，尊其礼秩，建其童昏，令然肆于民上”，揭露袁世凯名为总统，实际上已与君主无大差异，而且决不愿轻易放弃自己的地位：“惟人情所吝惜者，箪食豆羹之养，执鞭奉盖之威，苟可以诩燿于众，犹不能置。今虽号以民主，其崇卑之度，无大殊绝，顾其实已长人。欲其轻去就，固难也。”又如《刑官》一文，题目依旧，但《检论》中新增了一段，说：“人主者，以其职贵，不以其形骸贵。燕游之事，非举其职，则齐诸编民。是故汉武微行，驰骛禾稼粳稻之地，为鄠杜令诃止。……即令虽格杀武帝，是诛逆令者，非弑主也。”根据这一思想，文章反复说明：“苟傅于辟，虽人主，得行其罚。”“使人主杀人不轨，则治之等是矣。”这些论说，实际上都是申述反对袁世凯、推翻袁世凯统治所具有的正义性与合法性。
《检论》中十分引人注目的一篇文章，是《易论》。章太炎在《自述学术次第》中说过：“余少读惠定宇、张皋文诸家《易》义，虽以为汉说固然，而心不能惬也。亦谓易道冥昧，可以存而不论。在东因究老庄，兼寻辅嗣旧说，观其明爻明彖，乃叹其超绝汉儒也。近遭忧患，益复会心。……近欲有所论著，烦忧未果。”而这篇《易论》，应当说，就是在烦忧稍解后写出的概括他研究《易》的主要心得的一篇专门论文。在《太炎先生自定年谱》中，他在叙述了“复取《訄书》增删，更名《检论》”之后，紧接着就说：“处困而亨，渐知《易》矣。”这足以显示《易论》在《检论》一书中的特殊地位。
《易》是我国最古老也是解说最为纷纭的一部文献。古往今来，人们曾从各种不同的角度，企图对《易》的卦爻辞及其排列的顺序所包含的意义做出说明，章太炎的《易论》特色在于：他首次摆脱了古代的论《易》方法，以他所掌握的人类学、社会学知识为基础，结合人类社会发展的历史进程，对《易》中起始部分《屯》、《蒙》、《需》、《讼》、《师》、《比》、《履》、《泰》、《否》、《同人》等卦的含义做出了全新的解释。
《屯》，章太炎解释为人类形成的原始阶段。“庶虞始动，其象曰屯，其彖曰‘宜建侯而不宁侯’，则草昧部族之酋，鹑居食，上如标枝，而民如野鹿者也。当是时，民独知畋渔，故其爻曰：‘即鹿无虞，惟入于林中。’婚姻未定，以劫略为室家，故其爻曰：‘匪寇婚媾。’”《蒙》与《需》也都反映了这一阶段的特定的婚姻关系。
《讼》、《师》、《比》，章太炎解释为私有财产的出现以及相应而发生的社会冲突。“农稼既兴，民之失德，干糇以愆，而争生存、略土田者作，故其次《讼》。小讼用曹辩，大讼用甲兵，是以行师。所谓‘丈人’者，众之所归往也。众有所比，同征伐，共劳逸，故其伦党挂而不溃。”
《履》、《泰》、《否》，章太炎解释为作为统治机器的国家的正式建立。“《讼》以起众，《比》以畜财，军在司马，币在大府，有军与币，而万国和亲，觌威不用。故其象曰：‘懿文德。’受之以《履》，帝位始成，大君以立。由是辩上下，定民志。”《泰》与《否》，则只不过表现了“懿文德”、“辩上下”顺逆不同的状态。
由此，便产生了国家与民族之间的界限。“‘君子以类族辨物’，宗盟之后，异姓其族，物细有知，诸夏亲昵，戎狄豺狼者，而族物始广矣。故‘同人于宗’曰‘吝’，‘于郊’，‘于门’，然后其无悔咎也。”
章太炎对《屯》至《同人》各卦做了以上解释之后，便断言：“此九卦者，生民建国之常率。彰往察来，横四海而不逾此。”
《易论》的这些分析，开辟了《易》的研究的新门径，显示了《易》并非“谶记历序之侪”，而是人事变迁的可贵记录，要求人们从实际的历史发展历程中掌握社会政治运动的一般轨迹。
《易》与《易传》描述了各种事物的矛盾运动，具有丰富的辩证思想。通过对《易》的研究，章太炎对于矛盾运动的绝对性、无限性有了更为明晰的认识：“群动而生，溢无节，万物不足供其宰割，壤地不足容其肤寸，虽成既济，其终犹弗济也。”事物的矛盾运动将永无穷尽，想到达一个无矛盾无冲突的世界，就永无可能。平安美好的局面总是短暂的，而冲突、动荡则将永恒不息地存在；善的力量也有可能失败，而恶势力猖獗一时的记录则屡见不鲜。因此，他无限忧虑地写道：“夫成败之数，奸暴干纪者常荼，而贞端扶义者常踧。作《易》者虽聪敏，欲为贞端谋主，徒补其疮痍耳。由是言之，既济则暂，未济其恒矣。是亦圣哲所以忧患。”
《易论》对于前途的展望并不乐观，甚至可以说，相当悲观。因为暴人得志，凶人享国长世之事，历史上屡见不鲜。“光复以还，绝世未得继兴，膏泽未得下究，诸志士献民，生存未得相廷劳，死亡未得相吊唁也，而逋寇尚有禄胙，庇其族姻，向之降虏，犹持权藉，姹肆不衰。”面对这一严峻的现实，他却无能为力，内心的苦恼，使他不能不发出困锁在铁笼中的猛兽那样痛苦的哀鸣。《易论》乃至整个《检论》中的一些灰色、消沉的东西，都正是这种情绪的产物。
