他批评的是宋儒强探力索，只注重心性精微，遗却百姓日用，偏离了孔孟“费而隐”的方向，高妙有余而平易不足。从泰州之学的立场看，这个批评是中肯的。宋代诸大儒的修养方法，纯为士君子修养身心而设，是典型的精英文化，偏离百姓日用。明初学者，薛瑄、胡居仁的修养方法皆是耿定向所谓“隐而隐”一路。王阳明良知之学，从人人皆具的良知出发，以扩充、推致良知为进路，王阳明的功夫途径是“愚夫愚妇皆能知能行的”，“自卖柴人至公卿，皆是此功夫”。王阳明以致良知的简易直接和讲学授徒上的有教无类将精英与平民的距离拉近。王艮的“百姓日用即道”，更是倡导平民精神，推广平民文化。耿定向继承了这种修养途径和治学风格，将它贯彻于一切方面。
三“学有三关”
耿定向将“真机不容已”的为学宗旨与百姓日用即道的功夫方向具体化为“三关”，作为把握心与道、心与事、思想纲领与具体方法的关键。他说：
忆往岁刘调父访余山中，余与语云：“学有三关，初解即心即道，已解即事即心，其究须慎术”云。盖近世以学自命者，或在闻识上研究以为知，或在格式上修检以为行，知即心即道者少矣。间知反观近里者，则又多耽虚执见，知即事即心者尤少。抑有直下承当，信即事即心者，顾漫然无辨，悍然不顾，日趋于下达异流，卒不可与共学适道者，则不知慎术之故也。何者？离事言心，幻妄其心者也，固非学；混事言心，汗漫其心者也，尤非学。惟孟子慎术一章，参透吾人心髓。即心择术，因术了心，发千古事心之秘诀矣，岂不直截，岂不简易哉！（《慎术》，《耿天台先生全书》卷一）
这段话，明确道出了他的“三关”的真实意谓和提出此三关的缘由。耿定向的三关即即心即道、即事即心、慎术。即心即道是他的本体论，即事即心是他的功夫论，慎术是他的知行论。了解了他的“三关”，即了解了他的全部学术。即心即道就是他的“真机不容已”。在耿定向看来，心是道的凝聚，道是宇宙根本法则，心具体而微地含蕴着宇宙法则，他说：
人之所以为人者，其视听言动皆天也，只此方寸之灵本身通贯。一旦豁然知人不异天，天不离人，则视为天明，听为天聪，动为天机，合之为天德。（《知天》，《耿天台先生全书》卷一）
心即道是心学的根本命题，自陆九渊倡“吾心即是宇宙，宇宙即是吾心”，心学后继者无不宗之。如杨简有《已易》，谓天地人三者是同一的道、性、易的表现。名虽有三，其实为一。王阳明有“良知即天”、“良知即道”、“只心便是天”等命题。王艮则直谓“身与道原是一件”。耿定向的即心即道是对陆九渊、王阳明及其师王艮的继承。他的即心即道，以心为真机之不容已，而真机之根据，则是天道。天道之根本特性，便是“於穆不已”，耿定向说：
此心发窍处，便是天地之心之发窍处也。（《刘调父述言》，《明儒学案》第821页）
自心自性实源于天，维天之命，於穆不已，自心自性之真机，自亦不容已也。（《学彖》，《耿天台先生全书》卷二）
“维天之命，於穆不已”，是他的“真机不容已”的形上根据。即心即道使他的学术宗旨有本有末，统贯天人。即心即道，是耿定向的学术宗旨，是入门第一步，第二步便是“即心即事”。“即心即事”是“百姓日用即道”的另一种说法。王阳明有“心无体，以天地万物感应之是非为体”的命题，强调心事不二，心以事显。耿定向特别提掇此一关，重言申明此义，比第一关“即心即道”更为重视。因为在他看来，即心即道，是宋明理学家特别是心学一派普遍承认的，而即心即事，则由于学者或埋头书册，脱离生活实际，或言悟言觉，说空谈玄，极易割裂心与事为二。耿定向指斥这种现象说：
近世学术，无论虚浮者流，即负真志称有得者，类拾伯阳之余唾；称妙悟者，类剿《楞》、《坛》之半解；笃修者，类宗先儒之格式。于尧舜周孔真学脉已辽逖。于是高明一行多疏脱，愿谨一行多迂执，将焉赖之！（《与张阳和》，《耿天台先生全书》卷四）耿定向的即心即事，就是要纠正这种风气。在他看来，学术之大敌，就在于割裂心与事，学者盘旋于释老肘下，所得者无非空寂；即使于自己身心修养有益，亦有脱略事为之弊。即心即事，就是所学与所用一而不二，学以致用，用以显学，身心性命与兵农钱谷等实事融合无间，这才是孔门传统。所以耿定向的“即心即事”不仅是对泰州“百姓日用即道”的继承，而且有救治当时士人流弊的意思。
耿定向认为，能了解“即心即道”就算掌握了学脉，了解“即心即事”就算摸着了门径，剩下的就是选择正确的心术来指导具体行为。所以第三关为慎术。慎术语出《孟子》，耿定向发挥说：何谓慎术？曰：事故皆心也。顾有大人之事，有小人之事。学为大人乎？抑为小人乎？心剖判于此，事亦剖判于此，人亦剖判于此矣。学孔子之学，犹业巫函之术者也，不必别为制心之功，未有不仁者矣。舍孔子之术以为学，虽均之为仁，有不容不堕于矢匠之术者也。故其究也慎术。（《慎术》，《耿天台先生全书》卷一）
意思是说，人的行为受心的主宰，人之终为大人、小人，全赖以何种心术作主宰，必须选择正确的心术。耿定向所谓慎术，就是择取孔子之学为思想指导。这样无论何等志业，皆可适道。此亦《中庸》“道并育而不相害，并行而不相悖”之意。
在耿定向这里，上述三关是一个整体。透此三关，则有对本体的觉解，有对功夫原则的持循，有对具体进学道路的指示。他的学术，表现出一种中庸的、不激不偏的圆熟形态。
这里要讨论的是，黄宗羲对于耿定向慎术的理解与评论。《明儒学案》评耿定向说：
慎术者，以良知现现成成，无人不具，但用之于此则此，用之于彼则彼。故用在欲明明德于天下，则不必别为制心之功，未有不仁者也。夫良知即未发之中，有善而无恶，如水之必下，针之必南。欲明明德于天下，而后谓之良知，无待于用。故凡可以之彼之此者，皆情识之知，不可为良。先生之认良知，尚未清楚。虽然，亦缘《传习后录》记阳明之言者失真，如云：“仪、秦亦是窥见得良知妙用处，但用之于不善耳。”先生为其所误也。（《明儒学案》第816页）
这里涉及心与良知的区别问题。在耿定向这里，心有几种意思，最根本的是道德情感的本真流露，即真机之不容已处。其次是意志，即“事故皆心也”之“心”。耿定向“择术”所择之“心术”，实即意志，择术即选择正确的志向。第三即思维、感觉官能，即耿定向所谓“人心未交于感也，湛然虚耳。自知识起，而吉凶悔吝之感生，是故忧患攻取，憧憧往来，而虚者汩也”（《刘调父述言》，《明儒学案》第821页）之心。耿定向多讲心，很少讲良知，因为他贯心性为一，真机不容已从“颡有泚”处、“乍见怵惕”处识取。如按王阳明“天理之昭明灵觉处，即所谓良知”来解，耿定向之“真机”即心性合一，即所谓良知。黄宗羲批评耿定向的慎术是“良知用于此则此，用于彼则彼”，中间没有道德理性做主宰。这实际上是误解了耿定向，把“慎术”作为意志、志向选择的形而下之心，而非道体直接显现的真机不容已之心。所以有“先生之认良知，尚未清楚”之评。如前所述，耿定向的三关，实际是三个层面，即心即道是说本体，即事即心是说功夫途径，慎术是说在实际行为中的选择。这三个方面中主体所担负的职责是不同的，但它是一个整体。
另外黄宗羲对于良知的解释，以刘宗周为正，所以说《传习后录》记阳明之言失真。实际上，王阳明晚年对良知的解释很阔大，心或说精神作用的全部蕴涵都纳入“良知”之中，所以“七情顺其自然流行，皆是良知之用”、“仪、秦亦是窥见得良知妙用处”、“声色货利恐良知亦不能无”、“良知即是易”等，是阳明思想中包含的，不能说记录者失真。
黄宗羲批评耿定向主要是从东林正人严君子小人之辨，以耿定向不敢触犯张居正以救何心隐之狱，讥其慎术多从现实利害上起意，非能奋不顾身纯任良知而动。至于说《传习后录》失真，则是惩王门后学之失，借批评耿定向，间接批评王阳明。
四儒佛同一，佛为儒用
