1924年，京城帝国大学预科开办，1926年设法文学部，师生多为日本人，如首届法文学部学生共70人，其中日本人51名，朝鲜人19名。（参见《京城帝国大学の开校式》，载《朝鲜》，第133号（1926年6月）。）1929年该部首届毕业生中，法、哲、史、文各科的日、韩人分别为30、1、3、9人和10、6、2、7人。（参见《京城帝国大学学报》，第25号（1927年4月5日）。）相继任教的东亚研究者如服部宇之吉（兼任总长）、儿岛献吉郎、藤冢邻、今西龙、高桥亨、加藤常贤、辛岛晓、玉井是博、市村瓒次郎、田中丰藏、宇野哲人等，多曾来华留学、讲学或游历，与中国学者联系广泛。今西龙还被聘为北京大学国学门考古通讯员，据说曾拜师柯劭忞。该校法文学部分设法律、政治、哲学、史学、文学等科，讲座种类旨在发挥特长，强调重点研究中国、日本、朝鲜三者的文化关系，认为朝鲜文化由中国发源甚多，古代不仅介绍中国文化，也向日本输入自己的一技之长。近来与日本关系加深，而日本与中国的联系持续，研究三方关系，在阐明日本文化方面占有重要地位，也是认识世界研究焦点的东洋文化至关重要之事。（参见［日］平井三男：《京城帝国大学の规模组织と其の特色》，载《朝鲜》，第131号（1926年4月）。）
另外，长期驻华的今关天彭曾由德富苏峰推荐，参与编写《日韩合并史》，到过汉城。当时在朝鲜的日本人对中国文学艺术兴趣极高，为此今关天彭曾在京城俱乐部演讲多次。他对殖民政策虽无异议，但对总督府只凭武力镇压也表示不满，主张尊重朝鲜的传统学者。他认为朝鲜以儒学治国，儒生的势力强，各地书院多，著名学者的社会影响大，而总督府对此缺乏认识，一味使用军队和警察。他与朝鲜经学院大提学金允植相识，并由其介绍，结识了朝鲜青年学者第一人的崔甫善。以后崔因政见不同而被流放到济州岛。（参见《学问の思い出——今关天彭先生を围んで》，载《东方学》，第33辑（1967年1月）。）
自1909年起，日本即开始关注对中国的考古发掘。辛亥以后罗振玉、王国维等人避难京都，所带去的甲骨及殷墟出土古器物引起内藤虎次郎、富冈谦藏等人的关心。1916年，从欧洲归国的滨田耕作提出殷代金石过渡期说，并计划发掘遗迹。东京的林泰辅、鸟居龙藏、大山柏等认为中国局势复杂，应朝着中日合作的方向发展，较易着手。（参见《学问の思い出——梅原末治博士を围んで》，载《东方学》，第38辑（1969年8月）。）而中国方面与此不谋而合，也在筹划建立新型考古学。1922年初，北京大学国学门主任沈兼士为筹设考古学研究室，嘱托正在日本京都留学的张凤举、沈尹默拜访滨田耕作，请求指教。滨田耕作对于中国设置专门的考古学研究室十分高兴，详细介绍了日本东西两京考古学的状况，并根据其学养和经验，对中国同行提出了全面意见和建议。他主张考古学与美学相联系，不要仅仅作为史学的辅助研究；应预定计划，以便将来成立独立的考古学研究所；应视考古研究为自然科学，与理科的生物学相同；同时收集中国和西洋的材料，进行比较研究，以免偏蔽，为此，要积极培养年轻而通外文的人才；设立教授、学生研究室和陈列、实验、图书室；多收集中国文物，与外国博物馆和大学进行交换；推荐于东方考古素有研究的美国芝加哥大学教授劳佛来华任教，并开列了总价值千余元的考古学应备书目，还赠送京都大学出版的两册考古学报告。（参见《张凤举先生与沈兼士先生书》，载《北京大学日刊》，第974号（1922年3
月6日）。）后来该研究室的规划设施显然依照了这些提议。
1925年，滨田耕作和东京帝国大学的原田淑人以及朝鲜总督府的小泉显夫、原来“满铁”的岛村孝三郎等人鉴于日本当时考古学研究机构基础不好，如东京帝国大学的考古标本室很乱，也没有什么书，欲图振兴，希望与中国学者合作，以便参与殷墟等实地发掘，遂筹划组织东亚考古学会。当年9月下旬，滨田耕作、原田淑人乘再度发掘朝鲜乐浪郡汉墓之机相继来华。这时中国的考古学正在起步，各地的国学研究机构均十分重视，也希望得到国际学术界的合作支持。滨田耕作、原田淑人等人与北京学术界广泛交流意见，“以为东方考古学之研究，非中日两国学术机关互相联络不易为功”，并举行学术报告会，得到北京大学国学门考古学会的马衡、沈兼士以及陈垣、朱希祖等人的积极响应，双方决定合组东方考古学协会。为此，首先邀请马衡访问朝鲜，参观当时引起国际学术界瞩目的乐浪郡汉墓发掘。朝鲜总督府于1921年设学务局古迹调查课，从事调查和保存，在此之前即发掘乐浪郡汉墓，所得丰富宝藏令世界震惊。10月中旬，马衡如约前往朝鲜，先后参观了乐浪郡汉墓、江西郡高句丽时代的古墓壁画和朝鲜总督府的博物馆，与京都大学教授天沼俊一，东京帝国大学教授村川坚固、田泽金吾，朝鲜总督府博物馆馆长藤田亮策、小泉显夫，京城大学预科校长小田省吾、教授名越那珂次郎、高田真治、黑田干一，东京美术学校讲师小场恒吉，新潟高等学校教授鸟山喜一等畅谈，并于汉城书肆为北大国学门研究所的歌谣研究会购买朝鲜本小说歌谣数种。归国后在北大国学门举行演讲会，报告此行收获。（参见马衡：《参观朝鲜古物报告》，载《北京大学研究所国学门周刊》，第1卷第4期（1925年11月）。）
在中日两国考古学组织彼此沟通意向之下，1926年秋，滨田耕作和东亚考古学会干事岛村孝三郎来北京，双方正式结成东方考古学协会（参见《学问の思い出——原田淑人博士を围んで》，载《东方学》，第25辑（1963年3月）。据《顾颉刚年谱》，东方考古学协会成立于1926年6月30日（第127页，该书误为东亚考古学会）。），并联合举行公开讲演会。次年3月下旬，在东京召开东方考古学协会成立大会，同时举行中日学者的公开讲演会，中方讲演者为北京历史博物馆编辑部主任罗庸、北京大学教授马衡、北京大学研究所国学门主任沈兼士，讲题依次为“模制《考工记》车制述略”、“中国之铜器时代”、“从古器款识上推寻六书以前之文字画”；日方为滨田耕作、原田淑人、池内宏，讲题为“支那之古玉器与日本之勾玉”、“汉人之缯绢”，池内宏原定讲乐浪郡出土之封泥与朝鲜古史的重大事实，后因病未写成文。（参见《东方考古学协会公开讲演会》，载《史学杂志》，第38编第6号（1927年6月）。）
1928年4月下旬，东亚考古学会在京都召开第二次总会，再度举行公开讲演会，中方出席者为北京大学国学馆导师马衡和刘复以及该馆馆长叶恭绰的代表阚铎；日方演讲者为高桥健和小川琢治（代读）。（参见《东亚考古学会第二回总会》，载《史学杂志》，第39编第6号（1928年6月）。）1929年10月19日，东方考古学协会在北京再度举行讲演会，由滨田耕作、梅原末治、徐炳昶、张星烺分别演讲“世界各国研究东亚考古学的现势”、“Seythai文化在欧亚考古学的意义”、“中国西北科学考查团考古工作之概略”、“中国人种中之印度日耳曼种分子”。（参见《东方考古学协会讲演会》，载《北京大学日刊》，第2259号（1929年10月19日）。）1930年3月，原田淑人还由东方文化事业部出资，到北京大学和清华大学讲学两个月，与北大、清华、燕京等大学及中央研究院史语所的学者广泛交流。（参见《史学系通告》、《史学系教授会通告》，载《北京大学日刊》，第2341、2367号（1930年2月18日、3月21日）。）
在东方考古学协会名义下，中日象征性地共同进行了几次考古发掘与调查。1927年4月下旬至5月中旬进行的貔子窝发掘，日方参加者为东京帝国大学原田淑人、田泽金吾、驹井和爱、宫坂光次，京都大学滨田耕作、小牧实繁、岛田贞彦，关东厅博物馆的内藤宽、森修，朝鲜总督府博物馆小泉显夫以及该学会干事岛村孝三郎、小林胖生等，中方的马衡、陈垣、罗庸、董光忠中途来参观，并在其中一处亲自发掘。1928年10月发掘牧羊城，北大考古学会派助教庄尚严前来参加发掘一周。作为还礼，1930年北京大学发掘河北易县燕下都、老姥台时，也请日方学者参加。双方还协议互派留学生。从1928年起，日方每年一人，先后派到中国留学的有驹井和爱、水野清一、江上波夫、田村实造、三上次男。中方因经费困难等原因，派往日本的仅有1928年度的庄尚严。
日方动议合组考古学机构，表面看来是“为促进东亚诸地的考古学研究，与各国特别是邻邦中华民国考古学界增进友谊，交换知识”，实际主要目的有二：一是利用合作名义，便于在中国境内进行调查发掘活动，尤其想参与举世瞩目的殷墟发掘；二是派遣留学生来华学习和考察。此举与日本的大陆政策相吻合，因而得到日本政府的支持，其发掘考察及派留学生，均得到外务省、关东厅和朝鲜总督府的资助。而在历次活动所使用的名义上，中日双方并不统一。1927年在东京举行的大会，中方认为是东方考古学协会第二次年会（参见《新书介绍：〈考古学论丛〉》，载《国立北平图书馆月刊》，第1卷第5号（1928年9—10月）。），日方则同时使用东亚考古学会第一届总会的名义，而将次年在京都举行的会议称为东亚考古学会第二次总会。从中方立场看，北京、东京、京都及北京的第二次会议，应分别为东方考古学协会第一、二、三、四届大会，但在京都会议时却未使用东方考古学协会的名义。（参见刘复：《新嘉量之校量及推算》，载《辅仁学志》，第1卷第1期（1928年12月）。此为刘复当年4月29日在京都东亚考古学会的讲演。）
另外关于第一次貔子窝发掘的主办者，1927年8月《史学杂志》第38编第8号刊登消息《貔子窝の发掘》，声称系以东方考古学协会名义，后来日方撰写报告书时，则以东亚考古学会和关东厅博物馆的名义，得到外务省东方文化事业部和关东厅的援助。报告书出版时也标名为东亚考古学会的东方考古学丛刊甲种第一册。亲历其事的庄尚严后来回忆，组织东方考古学协会除互相观摩、交换学生外，还“互相参加两国自己举办的考古发掘工作”（庄尚严：《妙峰山·跋》，转自郑良树编著：《顾颉刚学术年谱简编》，65页，北京，中国友谊出版公司，1987。）。
这种不协调反映了双方态度的差异，表明日方主要是利用合作名义所提供的便利。所以，虽然1929年北京的讲演会又恢复使用东方考古学协会之名，但预定发表演讲的东方考古学协会委员朱希祖不仅未做报告，还于前一天分别致函北京大学考古学会和东方考古学协会，提出辞职，理由是：“本会自成立以来，进行重大事务，如发掘貔子窝、牧羊城古物事件，均未经本会公开讨论，正式通过，致有种种遗憾。委员仅属空名，协会等于虚设。希祖忝为委员之一，对于上列重要事件，其原委皆不预闻，谨辞去委员，以明责任。”（《东方考古学协会委员朱希祖先生辞职书》，载《北京大学日刊》，第2260号（1929年10月21日）。）可见裂痕已经公开化。
不过，在学术范围内，日方参加者还是抱着真诚态度，没有凭借武力进行掠夺性发掘，其活动以合同方式进行，必须有中国学者到场，且事后返还发掘品，日方仅保留照片。但合作仅仅是名义，实际活动则由日方独立进行。在合作名义下，日本考古学界不仅独立举办的考古发掘顺利进行，还趁机广交中国学者，密切彼此关系，获见《宋会要》稿本、《皇明实录》等珍稀秘籍，参观中国学术机构在各地的发掘现场，并深入蒙古等地考察。只有殷墟发掘属中央研究院历史语言研究所负责，而该所负责人傅斯年素有“义和团学者”之称，李济等人又先此与美国的毕士博合作，日方虽多次派人参观，未能实际参与。
东方考古学协会的组成，对于中国的现代考古学事业产生了影响。厦门大学国学研究院闻讯，要求学校推举代表参加该协会，并组织发掘团，声称：“非实行探险发掘，不足以言考古学的研究。”（《厦门大学国学研究院发掘之计划书》，载《厦大周刊》，第158期（1926年10月9日）。）滨田耕作、原田淑人等日本学者，均曾在欧洲接受正规的考古学训练，使用的方法十分精密，在乐浪郡汉墓发掘中实际运用，令中国学术界颇受启发，“此种考古途径，在我国尚未有人著手提倡也”（《新书介绍：〈考古学论丛〉》，载《国立北平图书馆月刊》，第1卷第5号（1928年9—10月）。）。
不过，中日双方在东方考古学协会内部的分歧，最终还是削弱了日本对中国考古学的影响力，与之关系最为密切的北京大学考古学会，成就反不及成立较晚的中央研究院历史语言研究所。本来中国近代考古学的发展所受外部影响来自欧洲、美国和日本，主要受力的机构分别为农商部地质调查所、清华学校研究院和北京大学研究所国学门考古学研究室。前者重在史前考古，清华与美国的合作一直持续到中研院史语所时期，以殷墟发掘闻名于世。北大考古学研究室号称东亚最早成立的专门机构，地位和影响均不免旁落，作为主要合作对象的日本难脱干系。
此外，在文物保护方面，中国学者有时也借重日本学术界之力。如顾颉刚等人呼吁保护江苏吴县保圣寺的杨惠之塑像，即得到大村西崖的响应。后者于1926年春专程前来考察，回国后写成《塑壁残影》一书，引起叶恭绰等人的关注，经过努力，终于修成保圣寺古物馆，移像其中。
1927年4月上旬，沈兼士、马衡叔侄及罗庸等人趁参加东方考古学协会归国之便，顺道到汉城参观，同校教授张凤举也前来游历。（参见《汇报：参观》，载《京城帝国大学学报》，第2号。）他们在儿岛献吉郎、高桥亨以及小林胖生、高田真治、森修等日本学者的介绍陪同下，参观了京城帝国大学、朝鲜总督府的博物馆、李王职雅乐部，并到清云洞观看韩巫舞。其中李王职雅乐令中国学者们感慨万千。他们首先参观了陈列室，了解了高丽雅乐形成的历史及其与中国乐器的关系，并听取了乐师对乐器功能的介绍，接着乐师们为中国学者演奏了7首具有代表性的雅乐作品，所表现的民族性特色，“大概属于悲壮的沉重的方面。虽然曲是宴乐用的，而使人感情却丝毫不得快乐，也实在使人不得不如此的不快乐”。听完乐曲，中国学者一面谈论“礼失而求诸野”，一面却以“座中泣下谁最多？江州司马青衫湿！”作为“闻雅”的报告。（参见天行：《侨韩琐谈》之三《清云巫舞》、之四《雅乐》，载《语丝》，第134、137期（1927年6月4日、26日）。）
