遗憾的是，郑和下西洋并没有开启中国历史上的航海时代。郑和下西洋活动的结束，宣告了明代中外贸易活动最鼎盛时期的结束。随着国内外形式的变化，特别是嘉靖时期葡萄牙人东来与倭寇复炽，导致了明朝海外政策的大幅度调整。朝廷为防御外寇，同时出台闭关和禁海政策，虽然开闭关之争终嘉靖一朝而未断，但由于战事吃紧，禁海抗倭成为主流。
三、"救时宰相"张居正
明朝传承至隆庆、万历时期，已经暮气渐深。皇帝耽于奢华享乐，疏于政事；朝内宦官专权，政争不断。皇亲国戚占地动辄万顷，国家财政收入却每况愈下，"私家日富，公室日贫"。此时如不改弦易辙，实施改革，大局崩坏为时不远。
万历元年（1573），张居正出任首辅。此后十年，他推行了一系列改革措施，使明王朝在败落时期重现复苏的新局面。人们因此赞扬他是"起衰振隳"的"救时宰相"。清代编写的《明通鉴》说："是时帑藏充盈，国最完富"，"起衰振隳，纲纪修明，海内殷阜，居正之力也"。
张居正出身湖北江陵的农家，自幼就以神童蜚声乡里，16岁时就考中举人，一举成名，是当时最年轻的举人。后来高中进士，步入官场。隆庆元年（1567），他进入内阁，万历元年神宗即位时任首辅。他以"安民"、"强兵"、"富国"为目标，在政治、军事、经济上大刀阔斧地进行了一系列的整顿与改革。
在内政方面，他首先整顿吏治，裁汰冗官，奖廉惩贪，其为政方针是"尊主权，课吏职，行赏罚，一号令"和"强公室，杜私门"。张居正创制"考成法"，以六科控制六部，以内阁控制六科，凡各项法令、章程的实施情况都必须在簿册上加以注明。六部若有欺瞒，则由六科给事中检举；六科若有欺瞒，则由内阁检举惩处。"考成法"是张居正推行其他改革的有力武器，此法实行后，行政效率大有提高，"虽万里外，朝下而夕奉行"。对于因循守旧、反对变革的顽固派官吏则加以罢免，对有才能的人则以"功实为准"，大胆提拔。戚继光、谭纶、王崇古、李成梁、张学颜、潘季驯等一批具有真才实学的文官武将都被委以重任。
张居正为首辅之初，财政危机最为突出。他认为，地主豪绅兼并土地且隐田不税，是国家税收减少的根本原因。为此，他下令对全国土地进行清理丈量，限三年完成。清查出的土地除赐田外，一律办纳粮差。结果，增加税籍田300余万顷。在此基础上，张居正对赋税制度进行了改革，其核心是推行"一条鞭法"。
明朝初年的赋税制度十分繁杂，当时的赋税以粮为主，银绢为辅，分夏秋两季征收。此外，还规定农民要服各种徭役，并交纳特殊的土贡等。"一条鞭法"正为革除上述弊端而设，规定对各州县赋税、徭役以及其他的杂税合并征收银两，按田亩和人丁折纳，合为一条。实行这种办法，解除了无地农民的劳役负担，提高了有地农民的农耕积极性，稳定了农业生产，也使明朝政府的财政收入有了显著的增加。
张居正在军事上也采取了一些改革措施。他重用戚继光等加强北方边防，加修长城"敌台"，拱卫京师。同时，与鞑靼俺达汗之间进行茶马互市贸易，发展民间贸易，使长期处于战争状态的北方地区从此息兵休战，军民乐业。自元末至明万历年间，一部分日本武士、浪人（流亡海上的残兵败将）、海盗商人和破产农民，不断侵扰中国、朝鲜沿海地区，前后达300年之久，当时中国人称之为"倭寇"。张居正派遣戚继光到浙江防倭，在物资及军队方面予以大力支持。戚继光招募训练了一支"人人有灭贼之心"的"戚家军"，从严治军，相继平定了浙江、福建及广东沿海的倭寇。
经过张居正的改革，明朝的财政状况大为好转，民众的赋税负担减轻，社会经济得到恢复和发展。改革的成功在很大程度上归功于张居正对于社会问题的深刻认识及得当的改革策略，也归功于他过人的胆略和勇气。不然，绝难冲破官僚旧习和守旧势力的阻碍。
但是，封建时代的改革取决于皇帝的态度。1582年，正值壮年的张居正因病逝世。明神宗重回旧路，反对派官僚趁势而起，十年新政，毁于一旦。虽然不少政策得到延续，但是改革的光辉再也没有重现。
四、耶稣会士与早期的西学东渐
在欧洲，与文艺复兴相伴而来的是宗教改革，耶稣会就是天主教改革的产物，天主教为补偿在宗教改革中所丧失的教务和经济利益，开始了向欧洲以外地区扩张的运动，海上探险的成功更为耶稣会传教士来华准备了雄厚的物质基础。紧随着欧洲商人的步伐，耶稣会士来到东南亚，通过澳门这个中西经济文化交流要地进入中国。
澳门作为中国第一个开放的港口，顺理成章地成为耶稣会士向中国传播天主教的基地。1567年罗马教廷颁布谕旨，成立澳门教区。欧洲的耶稣会士前来中国传教总是先到澳门，寓居圣保禄教堂（即三巴寺）学习中文及中国文化。
耶稣会在中国传教事业的实际开创者是罗明坚（MicheleRuggleri）神甫，他在澳门用中文编写了传教的书籍，并且把"四书"之一的《大学》翻译成拉丁文。由于他的努力，两广总督批准耶稣会士可以在广东肇庆建造教堂，开始向中国人传教。
相比较而言，耶稣会士利玛窦（MatteoRicci）比他的前辈取得的成就更大。1552年，利玛窦出生于意大利马尔凯州（Marche）的马切拉塔城（Macerata），家里经营药房，是当地的名门。明代万历年间来到中国居住，其原名中文直译为玛提欧·利奇，利玛窦是他的中文名字，号西泰，又号清泰、西江。利玛窦在中国颇受士大夫的敬重，被尊称为"泰西儒士"。
他不仅精通神学，而且在天文、数学、哲学方面都有相当高的造诣。他认识到必须使天主教本土化才能成功。所谓本土化，关键的一点，首先要让中国的士大夫乐于接受。利玛窦尽量把天主教教义与儒家学说相结合，也就是所谓"合儒"、"补儒"、"趋儒"。为此，他不惜修改教规，默认中国人的祖先崇拜，把《圣经》文句与中国的四书五经相互比附，找到其中的共通性，博得了中国士大夫的好感和崇敬。在广东传教的15年间，他埋头钻研儒家经典，乃至过目不忘，令士大夫大为惊讶。
利玛窦的代表作是《天主实义》，在天主教教义与儒家学说之间求同存异，获得了士大夫的首肯。徐光启说，他读了《天主实义》以后，竟然没有发现天主教教义与儒家学说有任何抵触之处。利玛窦的传教活动取得了极大成功，瞿太素、冯应京、徐光启、李之藻、杨廷筠等知名人士先后皈依天主教；他也得到了沈一贯、曹于汴、冯琦、李戴等官僚的支持，使他能够破天荒地进入北京，并且在北京建立教堂，直至病逝于北京。
利玛窦带来欧洲的科学文化，令当时的知识界耳目一新。"西学"以前所未见的巨大魅力，深深吸引了一批乐于探求新知的士大夫。西洋数学对中国影响最大的是由利玛窦口授，徐光启笔录翻译的《几何原本》六卷。书中涉及直线、圆、比例、相似形，并介绍了欧几里得几何学的基本原理。李之藻编辑的《天学初函》，收录了当时几乎所有传教士的著作，包括《天主实义》、《泰西水法》、《远西奇器图说》等。被人称为"异端之尤"的思想家李贽对利玛窦推崇备至，称赞他"凡我国书籍无不读"，"是一极标致人也"，"我所见人未有其比"。复社名士方以智的代表作《物理小识》就大量引用了耶稣会士所写的西学著作。
利玛窦在中国居留28年，绘制了多种世界地图，其中影响最大、流传最广的是万历三十年（1602）由李之藻为之刊印的《坤舆万国全图》。这幅世界地图引进明确的地圆概念，并以经纬度划分球面，令每一个看到它的中国人都感到震撼。它打破了中国传统的"天圆地方"的观念，拓展了知识分子的眼界，在一定程度上改变了中国人的地理观。
西学东渐也促进了历法的修订工作。崇祯二年（1629）朝廷任命礼部侍郎徐光启督修历法。主持此事的徐光启与李之藻对西方天文学已经有深入的了解，他们以西方历法为基础，在耶稣会士龙华民、邓玉函、罗亚谷、汤若望等的协助下，编成了137卷的巨著《崇祯历书》，书中详细介绍了第谷的《论新天象》、《新编天文学初阶》，托勒密的《大综合论》，哥白尼的《天体运行论》、开普勒的《论火星运动》等欧洲天文学著作的观点。
中国文化也通过耶稣会士向西方传播。如前所述，耶稣会士罗明坚把儒家四书之一的《大学》译成拉丁文，于1593年纳入在色威诺出版的"精选文库"，被西方学者称为"儒家古典著作的欧洲第一个译本"。此后陆续有《中国地图集》、《大中国志》等出版。17世纪在欧洲出版的有关中国的单行本有66种，非单行本有41种，使西方世界第一次比较真切地了解中国。
明末西学的输入，势必与中国传统文化发生冲突。面对这场冲突，敏感的中国士人，从不同的立场出发对西学采取了大相径庭的态度。徐光启、李之藻等士人广采博纳，欲将西方自然科学、宗教神学化为改造时弊、建立理想社会的巨大动力。也有保守者对西学加以全面排斥，以宋明理学的一系列规范、信条对西学展开攻击和批判。但是，由于此时的耶稣会士在中国主要是传播自然科学基础知识，基本没有引入政治及社会学说，因此中西文化间的冲突并不明显。
到清朝康熙五十九年（1720），罗马教皇指责耶稣会过于中国化，提出纯洁基督教礼仪，与中国礼仪的冲突激化，触怒了康熙皇帝。于是从康熙年间起，经雍正、乾隆两朝，掀起了百年禁教风潮，使清朝中期天主教在华传教活动一蹶不振。
