世有诗三百篇为孔子删定之说，傅斯年认为这是“汉儒造作之论”。因为“诗三百”一词，《论语》中数见，如果孔子把三千篇诗删为三百篇，他不会把“诗三百”这个名词用得这么现成。从孟子开始，诗超越了孔子的“小学教育”而进入了儒家的政治哲学。战国秦汉之际，这部“绝美的文学书成了一部庞大的伦理学”。汉代又有人把它当作谏书，这虽然引出了诗义解释上的许多谬说，但对《诗经》的流传却很有益处。后来齐、鲁、韩三家诗亡佚，是因其政治哲学味太重。毛诗素朴，与古文经相互发明，故借其势得以伸张。东汉大儒舍家学而就通学，不满三家诗之孤陋寡闻而取毛诗。六朝到唐，学人讲诗无多可取之处，宋代古文学复兴，人们大胆去想，产生了许多新观点。朱熹拿《诗经》的本意解诗，于是以前的一切美化附会之说扫地以尽，诗的文学作用复显露出来。由于时代所限，“他走着最是的路，偏又不敢尽量的走去”。清代学者对《诗经》的贡献，一是古韵，二是训诂。自陈第、顾炎武建立系统的古韵学后，各家继起，发明甚多。训诂方面，戴、段、二王虽不专治诗，但在《毛诗》训解上贡献甚大，还有一些专治诗的二流学者也很有成绩。不过清人所得新材料不多，旧材料又太紊乱，因而在许多问题上聚讼纷纭，得不出结论。而且对于诗的作用的认识过于泥古，反不及宋人。他认为研究《诗经》的正确态度应该是：
一、欣赏他的文辞；二、拿他当一堆极有价值的历史材料去整理；三、拿他当一部极有价值的古代言语学材料书。
他提出研究《诗经》的原则是：在《诗经》本文中求诗义，不管经书所载还是近儒之说，皆须以本文衡量，与本文合者从之，不合者舍之；声音、训诂、语词、名物之学乃经学的根基，须继承前人的研究成果而继续提高。
3.《礼记》
在《中国古代史讲义》中，傅斯年对《礼记》的部分篇章进行了研究。他认为《檀弓》是《礼记》中最早之篇，“里面找不到一点秦汉的痕迹来”。它大约成书于孔门七十子之后、荀子之前，其中保存有战国儒家的可贵史料。《曲礼》中的材料大部分是先秦的，或者在春秋战国之交，其史料价值甚大，但有的地方混入了秦汉间方士的言论。
《礼记》中成于汉代的篇章甚多，如《王制》中的制度与《孟子》、《周礼》均不同，且十分刻板，纯属一种政治的理想，故不可能产生于战国，而与汉初儒家的思想大体相合，当如东汉卢植所说为文帝时博士所作。《礼记》中的《月令》是汉初儒术与阴阳合揉的一个好例证。《文王世子》是汉代的作品，可能是太子或诸侯王之师傅所作。《礼运》由几个不同的小节拼凑而成，好几处有反复、颠倒的痕迹，且杂有黄老、刑名之旨，不是纯粹儒家的话，乃汉初儒道两种思想的混合物。《学记》乃汉初儒者论教育及学习方法的作品，从中可以看出儒者的生活状态。《乐记》是汉儒集合战国、汉初儒者论乐之文贯串起来写成的。《解经》、《哀公问》、《仲尼燕居》、《孔子闲居》几篇与《荀子》有相证处，很可能是汉初儒者“述而兼作之言”。《儒行》篇中言儒服儒冠受之自然而不敢指斥那些毁笑儒服的人，恐怕是汉初儒者感到苦痛而自解之词，哀公就是指刘邦。
他认为《中庸》、《大学》的成书年代不会太早。《中庸》由三个部分组成：第一部分从“仲尼曰，君子中庸，小人反中庸”到“子曰：父母其顺矣乎”，这段话里面的“中庸”是“两端之中，庸常之道”，反映了“中间阶级的世家人生观”。它不谈怪异，大谈人的修养；不谈大题目，而论家庭间的事，显然产生于鲁国细密的文化环境中，不是汉儒那种大发议论的手笔。传说子思作《中庸》，从这部分内容来看，是很有可能的。第二部分从“子曰：鬼神之为德，其盛矣乎”起至“明乎郊社之礼，禘尝之义，治国其如示诸掌乎”止，与第一部分毫无相干，乃自他篇孱入者无疑。第三部分自“哀公问政”以下至篇末，再加上《中庸》开头的一大段，这纯粹是汉儒的东西，这里讲的“中庸”已不是“两端之中，庸常之道”，而是“中和”了。他认为西汉人的文章和晚周人的文章是截然不同的，如果一篇文章的时代属周还是属汉不好确定，那么可以用下列四条标准衡量：
(一)就事说话的是晚周，做起文来的是西汉的。(二)对当时问题而言的是晚周，空谈主义的是西汉的。(三)思想成一贯，然并不为系统的铺排的，是晚周的；为系统的铺排的，是西汉。(四)凡是一篇文章或一部书，读了不能够想出他的时代的背景，就是说，发的议论是抽象的，对于时代是独立的，是西汉……汉朝也有就事论事的著作家，而晚周却没有凭空思之为方术者。
《大学》讲平天下，不谈列国纷争等事，只说理财，且又以财为末，大骂聚敛之臣。以理财为天下要务，必在天下一统之后，可见《大学》之作，不会早于秦始皇。秦在东周时被东方诸侯视为夷狄，《大学》却引《秦誓》，亦可见其非战国人所作（《尚书》中有《秦誓》大概是因为伏生为秦博士的缘故）。《大学》大骂聚敛之臣，说明其非产生于汉初，因为汉初兵革纷扰，无聚敛之臣，文景时亦无此等人，到汉武帝时才大用聚敛之臣。如果《大学》是据时立论的话，那么它应当产生于武帝用孔仅、桑弘羊之后，轮台下诏之前。
傅斯年说，文籍上起初并没有《大戴礼》、《小戴礼》之分，直到东汉马融、郑玄才将其分开。小戴所传49篇即今之《礼记》，而大戴所传85篇约亡于汉魏之际，它是什么样子今已不可考知。今天见到的《大戴礼》内容十分驳杂，其与《荀子》、《小戴礼》、《汉书·贾谊传》、《孔子家语》中的某些内容相合，大概是魏晋时《礼记》盛行之后，想自立门户的人将史书、子家、杂记抄缀而成。但是这部书中保存了许多珍贵的材料，我们不能轻视它的史料价值。他还认为，与《礼记》关系最密切的子家不是孟子，而是荀子，研究《礼记》是不能不参考《荀子》的。
4.《易》与《春秋》
傅斯年认为《易》和孔子没关系，和儒家也没关系。《论语》只有一处提到《易》：“加我数年五十以学易可以无过矣。”这里的“易”字《鲁论》里作“亦”字。据此看来，《论语》里对《易》只字未提。孔子喜《易》，韦编三绝之说最早见于《史记》，不可信。《孟子》、《荀子》也都不引《周易》。《易》为卜筮之书，孔子连祈祷都不肯，更不要说卜筮了。《史记·儒林列传》叙说孔子与《诗》、《书》、《礼》、《乐》、《春秋》的关系，并没说到《周易》。《易》本齐地阴阳家之学，与儒家学说本不相干，到了战国晚年，儒生术士合流，《易》才与儒家攀上了亲。至于《易》之十翼，乃是汉人所作，连司马迁都没提到它，可见不会太早。傅斯年所作的结论是：“儒家受了阴阳化，而五经之外有《易》，阴阳家受了儒化，《易》有文言系辞。”
他认为孔子与《春秋》的关系不易说清，既不好肯定说《春秋》乃孔子所作，也不好说《春秋》与孔子没有关系。不过，“孔子订《春秋》，不见得不是事实”。即使《春秋》未经孔子之手，恐怕也是孔子以后不久产生的，其思想渊源来自孔子。所以有人说孔子作《春秋》，或说孔子的后学作《春秋》，这在道理上是没有分别的。他说：
我觉得《春秋》是否孔子所作是小题，《春秋》传说的思想是否为孔子的思想是大题。由前一题，无可取证。由后一题，大近情理。我觉得孔子以抓到当年时代的总题目而成列国的声名，并不是靠什么“六艺”。
他认为《公羊传》的思想与《论语》相合，是在春秋末年社会背景下产生的，不会是战国，尤其不会是汉朝。由于写成定本较晚，所以孱入不少汉代的东西。至于《左传》，“决不是一时所生，谅也不是刘歆一手而造”。他提出了这样的设定：西汉初年流传着一部《国语》，又名《左氏春秋》，而传《春秋》的公羊家不能说明这部书的由来，人们感到不满意，于是就产生了一种联想，以为《春秋》与《国语》有关系，这种观念一产生，就打动了不少人。汉武帝时，公羊学成了国学，其势愈盛，反动力就愈大，愈有人为《国语》造新解。到了刘歆，终于成就了《左氏传》的巨观。当然古文经学不是刘歆一手之力，在此以前必定有一个很长的渊源。拿《左传》与《国语》比较，可以看出它们在文字上有分别，在体裁上也有分别，而且在内容上也有相矛盾的地方。当年《左传》的作者把《国语》大部拿来做材料，又加上了好些别的材料或自造的材料，写成了这部书。
5.《史记》
傅斯年十分重视对于《史记》的研究，在他看来凡治古史者都必须认真研读《史记》，所以他在大学任教时，专门为学生开设了《〈史记〉研究》一门课程。研究《史记》具有什么样的意义呢？他说：①《史记》是读古书治古学的门径。②《史记》研究可以为治古书之训练。将《史记》与经传子集参校，是一项很有意义的工作。③司马迁有大综合力，整齐异说，又有独到的见解，文词星历，综于一人，这是很值得后人学习的。④可以学得不少历史知识。
同时他又指出，《史记》不是一部容易研究的书。其说有三：①司马迁生前没将《史记》写成定本，后来很多人补作，又有人删改，至今成为古籍中最紊乱的一部书。②司马迁所引用的书，如今几乎都有问题，只有互校互订，才能寻出些端绪来。③整理《史记》需要许多专门知识，要用新观点、新方法，靠个人之力是无法完成的，必须集合一批学者，分工合作。
傅斯年认为，司马迁对于中国古代史学的贡献有三点：第一，“整齐殊国纪年”。此虽有《春秋》为其前驱，但彼不过是一国之史。古时列国并立，纪年全不统一，司马迁写成《十二诸侯年表》、《六国年表》，此乃史学方面的“绝大创作”。在西方，古史之年代学直到近代才发展起来。第二，写作八书，将文化史纳入史书之中，“斯睹史学之全，人文之大体矣”。在欧洲直到19世纪才有了这样的史学家。以上两个方面，“皆使吾人感觉子长创作力之大，及其对于史学观念之真(重年代学括文化史)，希腊罗马史家断然不到如此境界”。第三，“疑疑亦信”，对于古代史事，不雅驯者不取，说法不同又难作抉择者则异说并存，这种求实求真的精神值得后人学习。
傅斯年特别强调说，司马迁不是一位古史家，他采用《诗》《书》，并无心得，记五帝三代之事，但求折衷于六艺，“因仍师说，不求断制”，在这方面尚不如谯周的《古史考》。入春秋之后，其记事则较丰，及战国更详，至汉代而烂然成其大观。其所记汉事与记秦以前之事判若两书。记秦以前事“疏略抵牾”，记汉代事则“文直事核”。记汉事也是愈往后愈见其别择与文采。八书乃《史记》最伟大处，所记也大多为汉事。他在实地调查的基础上写史，这已是近代的著史方法了。
傅斯年一生喊得最响亮的口号是使用新工具搜求新史料，这是他领导的历史语言研究所工作的宗旨。但是傅斯年绝不忽视对于旧材料的搜求与整理，绝不贬低旧材料的作用和价值。
他指出，在搜求利用新材料之前，首先必须对旧材料进行一番清理，廓清对旧材料的误识；当时可资利用的新材料还比较少，人们进行学术研究主要还是依靠旧材料，即便我们发现了大量的新材料，旧材料也仍具有无可替代的价值。基于这样的认识，傅斯年十分注重对群经旧籍的研究和整理。要准确无误地使用古籍中的材料，首要的问题是判定其成书年代、来源，纠正前人的偏见、误释，重新审定其史料价值。这是傅斯年研究古籍的目的与归宿。他在这方面的许多论题、结论，均具有重要的学术价值，他研究古籍的方法，对于我们来说也有一定的借鉴意义。
当然我们也应该看到，他一生专注于古代政治、思想史的研究，对于古籍研究用力较少，也不甚深入，有时采用推理、臆测的方法论定古籍的年代和价值。如前文所说，他研究古代史事有时用推断代替严密的论证，在研究思想史时，也时常离开史料的实证，大段大段地发为宏论。与他《历史语言研究所工作之旨趣》中的史学观点对照，便不难发现，尽管他为史语所的研究工作制定了“存而不补，证而不疏”、“照着材料出货”的原则，但是他在进行研究的时候，却没有恪守这个原则，甚至经常背离这个原则。傅斯年是史料学派的旗手，但不是整理、研究史料的专门家。
与同时代的著名学者相比，傅斯年一生的学术著作的数量是较少的。于是乎有人为他英年早逝，没有把全部学问留给后人而深感惋惜，有人抱怨他过多地从事行政工作，影响了著书立说，也有人尤其是后来的学者认为他并没有多高的学术水平，没有多大的学术贡献。但是，衡量一个人学术水平的高低、学术贡献的大小，不应单纯以著作的数量多少作判断。诚如许冠山所说：“既令长达两百页的《性命古训辨证》不算‘巨著’，仅仅是《历史语言研究所工作之旨趣》一文，和准此而推行的现代研究事业，已足够令他名垂青史了。”邓广铭也作过类似的评价，说：“我们不能用著作多少来衡量一个人在学术上的贡献。即如傅先生(按：指傅斯年)关于中国古代史的文章，几乎每一篇都有其特殊的贡献，都具有开创性的意见和里程碑的意义。”
