自1903年开始的清朝新政，是清朝历史上最后一次，也是规模最大的一次自上而下的制度变革。新政之所以能够推行，现实原因是西方国家与清政府达成的妥协，以承认西太后的统治，换取中国全面的屈服与开放，而首先是中国政府机构与西方接轨。于是，总理衙门改为外务部，成为中国政府改革的先声，随后，政府改革一点点地并不是很有序地推行，直至1903年全面展开。其实，改革的更深一层动因还是来自中国内部，戊戌的使命依然需要完成。事实上，新政改革，在开始的时候基本上是依照戊戌的方案，从学俄学日人手。但是，西太后照抄戊戌方案，却坚决不给戊戌变法平反，中国20世纪最初也是最后一次和平的改革，就在这样一种别扭的政治空气中拉开了大幕。
一、新政的中央政府机构改革
庚子以后，首先改革的机构是总理衙门。八国联军侵占了北京、清朝政府全面妥协之后，西方列强自然觉得对中国有了半个主子的资格，可以理直气壮地对清政府发号施令了。他们早就不满意清朝外交机构暗含“天下中心”的自我感觉，竟然想“总理”中国的事务，于是，在“议和”尚在进行之际，就提出要求清政府将总理衙门改为外务部，各国公使的联合照会，甚至非常具体地规定外务部的地位必须排在六部之前，而且管部大臣必须由近支王公担任，部尚书必有一人是军机大臣，侍郎必有一人懂外语。由于中国已经没有了跟西方讨价还价的资本，尽管这些要求看起来很蛮横，但是，后来在外务部组建时，基本上都落实了。
改组之后的外务部，设四司、一厅、五处。四司为；和会司，负责安排各国使节觐见，派遣使节，以及本部官员的升迁考核；考工司，负责原来总理衙门的各种实业性的洋务，包括铁路、开矿、机器制造、军火和船政等等；榷算司，负责本部开支，关税监督，对外借还款，以及货币邮政等项事宜；庶务司，负责防务、边界，传教以及外国人的保护。一厅是司务厅，负责往来文书以及一切杂务。五处分别是俄、德、法、英、日处，分别负责办理与五国的交涉事务。改组后的外务部跟总理衙门职掌完全一样，只是机构正式化了，与其他六部机构大体相近，属官也跟六部一样，设郎中、员外郎和主事，变成了清朝政府的正式机关。显然，这样的外务部，跟西方国家的外交部门，还是不甚相同，并没有在实质上走上现代行政轨道。
1903年，改革正式拉开大幕。从1903年7月到1905年4月，清政府相继添设了商部、巡警部、学部和财政、练兵、税务三个处，开始以新机构的添置，逐步为取代旧机构做准备。其中商部相当于现代国家的工商部；巡警部标志着中国开始有了警察，相当于民政和警务部；学部即教育部。财政处，虽然叫处，但并不意味着级别就低，设置这个机构为的是逐渐取代户部；练兵处是清朝统一筹划办理编练新军的机构，等于是后来的陆军部的前身；税务处的设置，标志着清政府不再将洋务统归外事机构管理，成立独立的管理全国税收的部门。
1906年7月，以载泽为首的考察各国政治的五大臣回国后，清朝中央政府的改革进入了整体改革阶段。原先没有用的旧衙门已经相继裁撤，比如詹事府，通政使司，太常、光禄、鸿胪三寺。内阁、军机处、外务部、吏部和学部不动，其余旧有六部体系与新设的商部、巡警部、财政等处一并打乱重组。其机构设置如下：
1．外务部
机构基本与前述相同。
2．度支部
度支部即现代意义上的财政部，由原来户部和财政处合并而成。下设两厅、十司和一个金银库，设尚书一人，左右侍郎、左右丞和左右参议各一。各个厅司依然设郎中、员外郎、主事。1908年成立责任内阁的时候，原来的尚书改为大臣，侍郎为副大臣。度支部的附属机构有大清银行、造币总厂、宝泉局、崇文门税关、仓场总督衙门等。
3．民政部
民政部是由巡警部改设的，是完全意义上的新式机构。负责地方行政、警察和卫生诸事务。长官设置和属官与度支部基本相同，机构有两厅五司，只是民政部候补和额外官员比较多，超过正式官员。
4．陆军部
陆军部是由兵部和练兵处合并而成，原来的闲置衙门太仆寺也一并并入。长官设置与度支部同，有两厅十司。陆军部有大量专业技术官员，占正式官员的半数以上，同时，候补官员也非常多，比正式官员多一半。陆军部还附设海军处和军谘处，1910年，海军处独立成为海军部，军谘处也于1909年独立，1911年改为军谘府，负责全国军政筹划和全国疆域测量和地图绘制。
5．法部
法部由原来的刑部改建，机构与职掌基本相当。由于新政开始改造旧的法律体系，所以另设修订法律馆，由法部负责人兼管。另外，在北京模仿西方司法体系建立的初等与高等检察厅和审判厅，也一并附属于法部。
6．农工商部
由原来的工部部分机构和后来的商部合并而成，有四司。
7．邮传部
这又是一个完全新式的部门，负责邮政和交通，有两厅四司。附属机构有邮政总局、铁路总局、电政总局、电话局、交通银行等。
8．学部
学部依然维持1905年的建制，此时负担着在科举制废除之后新旧教育体系转型的任务。
9．吏部
吏部依然维持，但内部机构和长官设置与其他部相同，1911年，吏部取消，分设承宣厅、制诰局和叙官局。
10．礼部
礼部在这次改革中依然维持，但职掌已经被学部拿去大半。1911年礼部取消，改为典礼院。
此外，原来的大理寺改为大理院，定性为司法终审机关。理藩院改为理藩部，职掌依旧，只是将原来负责的部分外交事务移交外务部管辖。1911年另设统计局，作为内阁直属机关。
经过这次改制，中央行政机构由原来的六部和各个监寺，变为外务、吏、民政、度支、礼、学、陆军、法、农工商、邮传、理藩、大理12个部院，基本上有了现代行政的形式。无论是新建各部还是原来的部，不仅长官配属已经打破了原来的满汉双轨、多头负责的格局，而且内部机构也按照现代行政要求进行了改造。当然，改革还存在很大的局限性，原来机构的冗员依然保留，使得新机构效率大打折扣，机构设置还存在相当多的旧痕迹，礼部一直被保持，而且将原来没有什么用处的太常、光禄和鸿胪寺并入，直到清朝灭亡那年，才被革掉。
清朝新政，新组建的各部，如外务、邮传、农工，其组织皆采用新法，经费充裕，人才多，为京官所羡慕，其得上峰赏拔居要津者，大抵皆东西洋留学生。（徐珂：《清稗类钞》第三册）
宣统三年（1911年）四月，作为立宪的前奏，清朝政府成立责任内阁，设总理大臣、协理大臣和国务大臣，国务大臣由各部大臣担任，与总理、协理一道组成内阁。内阁成立后，原来的各部隶属于内阁，原来的内阁、军机处被撤销，但又成立了弼德院，作为皇帝的顾问机关，弼德院的成员可以参与机密，与内阁共议大政。成立责任内阁原本是政治上的一种进步，但由于当时把持政权的满族亲贵担心大权旁落，13人的内阁成员，满族占了9名，其中皇族有5人之多，而且都在要津，结果反而失掉了人心，加速了清朝的覆灭。
二、新政的地方官制改革
在新政期间，清朝的地方官制变动不大，总的说来只有三处：一是将学政改为提学使，设置提学使司，负责各省的教育改革与新式学校的行政管理。提学使司从原来学政相当简练的随从，变成一个具有六个科的庞大衙门。另外还设立学务公所，由当地绅士充任议长和议员，参与当地的学务。二是将按察使司改为提法使司，作为一省的司法行政机关。另设高等、地方和初级审判厅，负责司法审理，各级审判厅接受提法使司领导（由于人才缺乏，实际上终清之世，地方三级审判体制并没有真正确立）。三是增设巡警、劝业两道，前者负责办理地方警务，后者负责促进地方的工商业发展。实际上，前者等于是民政部警察部门的地方机构，后者等于是农工商部的下属机构。两道的机构设置和职掌都与原来的分巡道不同，类似于省级的司。除了这两道之外，撤除原来所有的分巡道，使得原来已经成为一级行政架构的道，基本上完成了历史使命。
作为地方改制的试点地方，东三省还设置了交涉使司、民政使司、度支使司，先后为一些省份效法。
三、新政的选官及学校制度的改革
自庚子之后，原来融选官和教育制度为一体的科举制度就面临改革。首先是考试内容废八股改策论，开经济特科。1905年清政府又进一步废除科举制，以从中央到地方的三级新式学堂的教育体系取而代之。在新政的改革思路里，依然没能将按现代社会原理本来不属于一回事的选官和教育制度分开。于是，在改革者和广大的士子眼里，大学生相当于过去的进士，中学生相当于举人，而小学生则相当于秀才。科举废除之后，各地公办和私立的新式学堂纷纷建立。由于当时的中国新式人才缺乏，大学层次的教育还谈不上（即使是京师大学堂，充其量不过是专科水平），中学质量高的也不多，而且各种学堂程度不一，水平相差甚远。可以说，在新政维持期间，中国的新式教育主要是在原来的士和准士阶层普及了一下西式的基础教育。
小学本是针对儿童的教育，但是在新政期间，几乎没有适龄儿童进小学堂，小学学生基本上都是原来科举体制的童生。郭沫若14岁进新式小学，居然是他那一年级年龄最小的一个，同学都是20岁一30岁甚至更大的成年人。
改革的结果，是在中国基本结束了传统的旧教育体制，新式教育体制从此得以确立。虽然在新旧体制的转换和衔接上，还存在着太多问题，但毕竟开始了中国教育面向社会而不仅仅面向官场的时代。但从制度变迁的角度看，这场改革对于制度的平稳过渡却害处极大，如同倒脏水的时候连小宝宝一并倒掉了，学校的改革连带选官制度也被废除，后果相当严重，旧制度中联系普通士人与朝廷的纽带和阶梯中断了，原来以官方为核心的士绅金字塔趋于瓦解。而新的教育体系，不仅目的与选官要求不尽符合，而且也没有选官所要求的严整程序，所以，改革后在官吏选拔方面，陷入了混乱局面，极大地削弱了士人对朝廷的依附性。在传统和现代的转型时期，极大地突出和暴露了转折中的裂痕。
四、新政的宪政与地方自治
新政从官制改革走到宪政改革，是革命党人在外施加压力和势力更大的立宪党人大力推动的结果。五大臣出国考察政治回来之后，西太后相信了大臣们实行立宪政体并不会损害清朝皇族利益的说辞，下决心实行立宪。1906年和1907年两次下诏，宣布“预备立宪”。与此同时，在1907年夏，在中央成立资政院，在地方各省成立谘议局，作为成立议会前的过渡。
1．资政院
资政院设总裁二人（1910年开院时减为一人），副总裁二人，属于政府官员，由皇帝任命。总裁和副总裁在资政院开会期间，担任正副议长。资政院共有议员200人，其中的一半由皇帝钦定。包括宗室王公16人，满汉世爵12人，外藩王公14人，宗室觉罗6人，各部院官员32人，最后还有“硕学通儒”即著名学者10人和“纳税多额者”即著名工商业者10人。另一半从各省谘议局议员中选举产生，再经各省督抚审定确认，资政院议员任期3年，任满后一次性改选。
资政院多少还有官府衙门的意味，至少，清朝政府当它是一种特殊的政府机关，正副议长和一半的议员，均由皇帝任命，其中正议长的资格，跟政府重要的部一样，须由王公大臣担任。但是，资政院毕竟是当时中国国内立宪运动的一个果实，根据资政院的章程和它成立后的实践来看，它已经部分具备了议会的功能。按资政院章程，资政院可以讨论国家的预算，制定税法，公债的发行，各种法令的制定，以及各种皇帝认为应该讨论的问题。资政院议决的事情，如果行政部门认可，则通过皇帝下发成为法令；如果行政部门不认可，则交还资政院重议，如果资政院依然坚持原议，则提交皇帝裁决。此时的资政院，已经基本接近日本明治以后的议会。在资政院总共召开的两次会议中，通过了不少让朝廷为难的议案。比如速开国会案、成立责任内阁案、弹劾军机大臣案、赦免戊戌志士和革命党人案等等，几乎都是当时政治的禁忌。
2．谘议局
各省的谘议局在1907年到1909年间相继成立，其性质有点类似于中央的资政院，等于是各省的资政院。当时全国共有22个行省，但却成立了23个谘议局，因为江苏督抚不同城，隐然有两个中心，所以特许成立两个谘议局。各省谘议局议员的名额，是由中央政府参照各省学额定的，其中奉天50，吉林30，黑龙江30，顺直（直隶和京师顺天府）140，江宁55，江苏66，安徽83，江西97，浙江114，福建72，湖北80，湖南82，山东100，河南96，山西86，陕西63，甘肃43，新疆30，四川105，广东91，广西57，云南68，贵州39。除了上述定额之外，还为旗人增设若干名额，顺直10名，各省1～3名。
对于谘议局议员的选举资格，除了要有一定学历（新旧俱可）和资历（曾任官职），强调其兴办公益的资历和成绩，以及资产数额。同时规定本省的现任官吏幕友、军人、巡警官和在校学生不得当选。选举权也有财产和资格的限制，财产少于5000元的人，没有选举权。由于当时民风未开，实际参加选举的人数，大大少于预定数目。
谘议局设议长1名，副议长2名，常驻议员若干（占议员总数的1／5），由议员推选产生。
虽然谘议局还不是省议会，但它的存在毕竟极大地限制了督抚的权力，而且，立宪派利用谘议局的阵地，大力宣传立宪，极大地促进了新政改革向深度发展。在辛亥革命之后，很多省份的地方政权，都是在谘议局的参与下建立起来的。
3．地方自治
地方自治是新政期间得到大力推行的制度变革。从某种意义上讲，由于地方势力自太平天国起义被镇压之后，一直处于上升态势，到新政期间，已经呈现出不可遏制的状况，地方自治的推行，多少迎合了地方势力上升的势头。
清末的地方自治，按规划分为两个层次。一是城镇乡自治，二是府州县厅自治。1909年和1910年，清政府先后颁布了《城镇乡地方自治章程》、《城镇乡地方自治选举章程》，和《京师地方自治章程》、《府厅州县地方自治章程》、《府厅州县议事会选举章程》，先在城镇乡的层面，然后又在设有地方政府的府州县厅，推行地方自治。
