清承明制是历史定论，不过，细说起来，两朝的制度还是存在一定差别的，但是在皇权专制方面，明清却有一以贯之的精神血脉，所有的制度安排，无一不是围绕着如何加强皇帝的权力展开的。在中枢决策层面上，虽然清代将内阁闲置，另辟军机处，但以朝臣为皇帝做秘书的决策机制是跟明代一致的。明清皇帝制度的差别，主要体现在皇帝自身素质和表现上，总的来说，明代的皇帝政务荒怠的多，出了一些空前绝后的昏君，但清代皇帝勤政的多一点，除了晚清没有当过家的同治皇帝有些荒嬉之相外，其他皇帝，无论贤与不肖，对政务倒是都还关心，人人都把祖宗的基业当回事。
正因为如此，清朝中枢决策机制的运转，完全是围绕着皇帝的意志和行动在转，不像明朝那样，时常大权旁落到司礼监太监和内阁的手中。原来居住在白山黑水之间的满族人，从一个并不十分强大的耕猎民族过渡到一个庞大的帝国统治者，确实走过了很长的一段路。他们在学习汉文化方面做得比元人好，在吸收明朝君主专制精神上做得更好。跟明朝不同的是，作为一个少数民族统治者，他们的集权不仅指向皇帝，还指向整个统治民族，将满人集权和皇帝集权结合起来。只是他们的做法比较巧妙，大权集中小权分散，而且实行满汉隔离，所以，虽然集权程度相当高，但并没有引起民族间的强烈敌视。
清朝的决策机构和机制经过了一个比较长的进化期。这期间，既有学习和汉化的过程，也有对自身传统的克服，以及自己的青出于蓝的“创造”。
1．从议政王大臣会议到军机处
满族虽然跟从前入主中原的女真人有种族上的关系，但在文化上，他们之间的继承性已经基本中断了（原来的女真文字历史，跟后来的满人毫无关系）。明朝中叶以来再次崛起的建州女真，文明程度还处于相对较低的层次上。努尔哈赤所建立的八旗组织，带有较浓的原始部落气息，旗主和旗众之间，存在较强的人身依附关系，而各旗也具有很强的自治意味。努尔哈赤虽然是个具有特殊魅力和才能的领袖，但依然得尊重部落的军事民主传统。满族开始建立的后金政权，实际上是一人领导下的各旗旗主（八贝勒）共治国政的体制。最高决策实行的是议政制。只是由于努尔哈赤个人能力超强，才使得政体围绕着他一个人转，似乎是一种个人的集权统治。
到了皇太极时代，八贝勒共治转化为议政王大臣会议。议政时不仅八贝勒参加，而且各旗的第二号、第三号人物（大臣）也被邀参加议政，人数的增加意味着原来的决策人员贝勒权力的减弱，这实际上有利于皇帝意志的推行。同时，由于满人的汉化已经达到一定程度，在制度上，皇帝的集权毕竟跟原始民主制有着本质冲突，所以，这一时期皇帝经常甩开议政王大臣会议，另起炉灶，开始由类似皇帝秘书班子的内三院介入决策。
入关之初，由于皇帝年幼等原因，满族王公贵族的势力有所增长。在相当长的一段时间里，议政王大臣会议的作用有所增强，这种体制决定了清朝初年国策的基本走向，使得这个少数民族王朝呈现出某种元朝的面貌。然而，毕竟满人不是蒙古人，一方面，蒙古的前车之鉴告诉他们，单凭武力，是无法统治汉族这个具有悠久文化传统的庞大民族的；另一方面，已经定居多年的满人，在关外就已经深受汉族俗文化的熏陶，大量接受汉人的俗文化。汉人的小说和各种说唱艺术，在满人中很有市场，因此具有汉化的基础。进关以后，对于整个满人上层而言，汉人文化从雅到俗的两方面诱惑力，是处在从蒙昧到开化的过程中的他们所难以抵御的。满人自己新创的文字没有历史和典籍，更没有属于满文的诗歌、小说、戏剧和传奇。在政治上，他们需要汉人的经验和学说，需要消化汉人的制度和典章。以康熙消灭鳌拜集团亲政为标志，满人汉化的趋向取得了压倒性的胜利，与此相关，议政王大臣会议也逐渐淡出。到乾隆年间这种制度正式结束自己的使命。
其实，早在皇太极时代，满人已经开始学汉人皇帝，为自己安排秘书班底，设置内三院。人关以后，又将内三院改为内阁。康熙独立主政之后，内阁体制得到了进一步完善，几乎恢复到明代的规模。不过，成年以后的康熙，很快对内阁这种在明代已经过于成熟，也过于庞大的办事机关感到不满意，凡事保密程度很差，而且效率低下。于是，皇帝读书的南书房，逐渐成为另一个更受皇帝欢迎的秘书处。秘书的组成是陪皇帝读书的文学之士，他们大多是翰林院的翰林，平时在陪皇帝说经讲史、谈诗论赋的同时，也在政务的处理方面，为皇帝提供咨询。由于南书房不是一个机构，担任秘书的这些人虽然都是被皇帝看上、受到特殊信任的官员，他们的本职依然是翰林或者别的官员，个别人甚至是白衣（如方苞）。他们职务上的特殊之处，只是加上个“南书房行走”或“人值南书房”的名义。显然，比起内阁来，这些位卑而且年轻的文学之士，做秘书要更称职些，所以，在康熙中期以后，决策的中心就逐渐地转移到南书房了。
方苞因戴名世案入狱，后因李光地的营救出狱。康熙对方苞的学问十分仰慕，命他以白衣之身入值南书房。每奏事，康熙则嘉赏之，说就是翰林院中老辈也超不过他。方苞还参与编校乐律和历算书，康熙又让诸皇子跟他学习，皇子自诚亲王以下皆呼之为先生。（徐珂：《清稗类钞》第三册）
雍正上台之后，出于对西北用兵的需要（对付准噶尔），建立办理军机处，以便能快捷而机密地办理西北军事事宜。由于雍正为了消弭“夺位”的谣传而不在正殿乾清宫居住，搬到偏殿养心殿，于是军机处也就设在隆宗门内紧靠西六宫的墙边，离养心殿只有几步远。此后虽然有过短时间的反复，但军机处逐渐成为清朝的决策中枢。南书房虽然一直还有作用，但处理政务的重心已经转移到军机处，而内阁则变成了只有几个低品级的中书待着的闲衙门，内阁大学士则成为朝廷给予德高望重的朝臣的荣誉衔。
清代内阁大学士分为三殿三阁，依地位排列依次为保和殿大学士、文华殿大学士、武英殿大学士，体仁阁大学士、文渊阁大学士、东阁大学士，各个殿阁还另配一个协办大学士。大学士正一品，协办大学士从一品。在清代，凡是位列大学士和协办大学士的人，都会被尊称为“相”或者“相国”，实际上如果这些人不兼任军机大臣的话，是没有资格参与机要的，他们事实上只是作为文官的荣誉领袖存在的。
军机处在性质上跟明代的内阁一样，仍然属于皇帝的秘书班子，只是这个秘书班子要比南书房更正式一点。军机处有军机大臣和军机章京两类办事人员。军机大臣是军机处的主要成员，原本都有自己的本职，如六部的尚书、侍郎等等，进了军机处，本职事务依然不免。所谓的军机大臣，只是在本职之上加上“军机大臣上行走”、“军机处上行走”的头衔，新选的加上“军机处学习行走”、“军机大臣上学习行走”之类的头衔，俗称“大军机”。军机大臣没有定额，少的时候3、4人，多的时候达到过11人，一般则3、4人到4、5人不等。军机大臣每日轮流值班，随时听候皇帝差遣，处理军国大事。如果有大事需要商议的话，则全体到养心殿去，跟皇帝一起议事。他们的职责主要是在皇帝发问的时候，提供咨询。军机大臣中通常资历最老者为首席军机大臣，资历最浅者俗称“打帘子军机”，因为军机大臣到皇帝处商议国事，太监一律不许在旁，进出养心殿都得军机大臣自己打门帘，资历最浅者进出都在最后，自然打帘子之事非他莫属。
军机处设立之初，清朝各部的部员多借故前来探听消息，拥挤于军机处窗外，不成体统，而王公大臣，也往往以前来找军机大臣攀谈为名，打探机密。嘉庆初年，为了加强军机处的保密性，特令都察院和六科给事中，加派御史轮流到军机处外监督看守，严禁非军机处的人进入。非军机处的人，即使贵为王公阁相，只要擅自踏上军机处台阶半步，一律格杀勿论。清朝灭亡前几年，张之洞被招入京，朝廷准备让他入主军机，张到军机处办事，犹然不肯踏上台阶，其实，当时这条禁令其实早已废弛。
