跟其他制度设置一样，明朝的兵制也带有元朝的痕迹。卫所的设置以及武官世袭和兵籍制度均属之。元朝军队将领是世袭的，而且驻屯军队自行解决给养。这种体制是从草原部落封建制转化来的，放在汉地实际上是不合适的，所以元朝的军队，在汉地的战斗力大大地退化了。但对于朱元璋来说，尽管已是强弩之末，元朝兵力之强还是给他留下了深刻印象。所以，他在制度上依然对元制抱有幻想，因此，明朝并没有恢复宋朝之前的汉人王朝的兵制，而是对元朝兵制稍加改善，形成卫所制。其中，武官的世袭，虽然对军队的稳定有一定好处，但堵塞了优秀士兵的晋升，而屯垦性质的卫所最后事实上变成将领的世袭庄园，所以卫所制显然也是一个不好的制度。然而，明朝初年的兵制，又不尽是对元朝的袭承。明朝不仅有兵部、有五军都督府，还有具体政治操作中的文官治军，以文压武的原则，以及以内制外的体制。兵制上的双重性，在实际军事事务的运转中，虽一时可得双重好处，却也日益暴露出难以克服的弊病。
1．明朝地方军（包括边防军）制及其变迁
开始，卫与所只是军队的编制，卫相当于元朝的万户，所相当于千户。无论皇帝的亲军还是各地的驻军，均以卫所编制。大体上卫下有千户所，千户所下有百户所，百户所下是总旗、小旗。卫所分驻各地，“度要害地，系一郡者设所，连郡者设卫，大率五千六百人为卫，千一百二十人为千户所，百十有二人为百户所，所设总旗二、小旗十”（《明史》卷90《兵志二》）。遇有战事，则抽调卫所士兵，组成军队，另行派任将领指挥。平时卫所将士驻扎在当地担任守卫。直到今天，我们现在的地名中还有卫所的痕迹，比如有时人们还管天津叫“天津卫”，威海叫“威海卫”，山东还有个地方叫石臼所。
在大规模征战基本结束之后，卫所开始向驻屯和屯田功能转化。自洪武二十一年（1388年）起，卫所军队一半以上用于屯田，以后屯田军土越来越多。由于军士是世袭的军户，将领是世袭长官，两者形成了世代的人身依附。将领们在经济利益的驱动下，往往把士兵当成农奴和半农奴来驱使，士兵们不堪忍受，纷纷逃亡。到了明朝中期，屯田的卫所有的已经变成将领的私人庄园，另外的则因士兵大批逃亡而形同虚设。但是，进入中叶之后，明朝来自北面的蒙古和东南沿海的倭寇的压力没有减轻，反而因辽东建州女真的崛起，又增添了更大的军事压力。为了应付局面，自永乐年间就开始设置的镇守军制度得到了逐渐扩展，从边境发展到内地，逐渐取代了卫所，成为主要军事力量。大抵“凡天下要害地方，皆设官统兵镇戍，其总镇一方者曰镇守，守一路者曰分守，独守一堡一城者曰守备，与主将同守一城者曰协守”（《明会典》卷126《镇戍一》）。各省总兵与都司并存，但总兵却是亲自统兵的实权武官。镇守军体制跟卫所不同，军官不是百户、千户，而是总兵、副总兵（副将）、参将、游击等衔。军队编制也恢复了宋以前汉人军队的旧制，以50人为队，队有管帖；500人为司，司有把总；两司为l哨，哨有千总；3哨为1营，营则是镇军的基本单位。跟卫所制度最根本的不同是，镇守军的士兵基本上是招募的，所有的钱粮都需兵部供给，不负担屯田任务。无论镇守，还是作战，往往是以单独的镇守军为单位行动的，需要组成大军的时候，就将几个或者十几镇的总兵，连同他们指挥的军队调到一起，而不是像对待卫所那样，将部队士兵打乱混编。甚至在倭寇为患严重的时候，戚继光等人居然可以到特定地区，亲自招募那些最朴实的农民，练成一支绝对服从将领的“戚家军”。毫无疑义，这种镇守军的战斗力，显然要超过卫所军，不过在明朝末年，中央政府控制力减弱的时候，也的确出现了割据自雄的苗头。
事实上，对于一个以农民为主体的社会而言，采用草原军事制度是非常不合适的。草原民族的军事行动不需要后勤供给，部落赶着畜群一起行动就是。可是农业民族的军队必须有后勤供给，遇有战事，往往是兵马未动粮草先行，供应粮草的队伍几乎跟作战部队一样多。在卫所制度下，军队战时的后勤供应是两套体制，即部分由屯垦的卫所和地方供应，部分由兵部供应，结果往往系统紊乱。不是供给重叠，就是供应不上，关键是少慢差费，效率极低。所以，这样的兵制，跟朱元璋当年设计的初衷正好相反，不仅没有节省开支，提高战斗力，反而既浪费资源，又削弱了战斗力。
2．明朝的中央军制
明朝中央军分为两个部分，一是京营，二是亲军。京营是首都的卫戍部队，明初因平时归五军都督府管理，因此被称为“五军营”。朱棣上台之后，亲征蒙古，嫡系军队分为左右哨和左右掖和中军五部分，形成新的“五军营”。除此以外，还有以3000边外降卒为基础建立的“三千营”和以火器装备的“神机营”，这就是京师的“三大营”。除了常设的京营之外，各地还要派卫所的军队到北京来轮流宿卫，有时也算在中央军的范围。三大营体制确立后，五军都督府虽然还在，但已经形同虚设。
亲军属于皇帝的亲卫部队，由皇城守卫部队、禁兵和锦衣卫组成。其中，锦衣卫还兼管巡查缉捕，是直属皇帝的特务组织。禁兵则由精选的武艺高强、身强力壮的汉、蒙、回等民族的3000余勇士组成，编制是“四卫”（腾骧和武骧各2卫）和“勇士营”，直属于大内的御马监，是皇帝的贴身护卫。
中央军的兵力居全国之冠，多的时候达到60多万人，少时也有20多万。出征和镇压国内叛乱，京营应该是主要力量，但事实上，京营力量并不强。京营的士兵，同样面临着官方的劳役、将领的使役，同时，士兵地位过低，既不能脱籍参加科考，又很难通过战争晋升，所以往往精壮者逃亡，老弱者留营。而京城那些浮浪市民、地痞流棍，往往又以投军为安身立命之处，结果造成京营士兵素质每况愈下，能战者连十分之一都没有。明英宗亲征惨败的土木之役，50万大军悉数覆灭，连皇帝本人都做了俘虏，其中固然有决策和指挥上的问题，但这么多军队，跟瓦刺几万人作战，就算蒙古兵战斗力强，连个皇帝都保不住，可见京营战斗力之低下已经达到了惊人的地步。
3．军事指挥体系
明朝军事指挥系统的结构大体是武官、文官和宦官三位一体，以文制武，以内（宦官）制外。在中央，原来从大都督府转化来的五军都督府是最高军事管理机构。但永乐年间，随着中央军军制的改革，五军都督府很快变成了闲衙。最高军事指挥机关在名义上，是只有文官组成的兵部。兵部不仅负责军队编制、后勤供给、军官晋升、军队训练，还负责战时的军队调动和战略制定。而武职将领则降到了只负责具体战役和战斗指挥的地位。在中央，五军都督府则沦落到了只配给京营传达兵部指令的田地；而在地方，都司和后来的总兵，也必须受文官巡抚和总督的节制。
但是，明朝的军事制度还有一个特点，那就是以内制外，内臣对于军事有相当大的发言权。在明朝的宦官专权局面还没有形成的时候，制度安排上就已经有了一个内廷的宦官机构御马监，这个机构负责掌握调兵遣将的兵符火牌。也就是说，兵部的军令必须经过太监的手续，才能生效。后来，御马监太监还负责掌管皇帝的贴身侍卫部队禁兵，接着，大部分外派的宦官监军，都由御马监派出。御马监原本是一个掌管马匹的内廷机关，但经过皇帝特许，逐渐变成了军事指挥体系中的关键一环。我们前面讲过，明朝的中枢决策机构逐渐形成了内阁票拟、司礼监批朱的结构。这个结构随着时间的推移，越来越向司礼监方面倾斜。有关军事方面的决策，往往是在内阁参谋下，由司礼监作出，由兵部发出军令，再由御马监出兵符火牌，最后由文臣督率武将执行。在这里，内臣的分量无疑是最重的。
4．明朝兵制的检讨
明朝的兵制，虽然在制度上有一定弹性，在具体战斗指挥上，还比较能够发挥武官的作用。京营和镇守军的武职将领，可以既是平时的训练管理者，又是战时的指挥者。在某些特殊的危机场合，甚至允许武将自行招募士兵，组成军队。但是，这种制度在激励机制上却存在着严重的缺陷。首先，实行武官世袭制，先是阻碍了士兵因军功升迁的路，而后允许士兵因功晋升之后，升为军官的士兵则祖祖辈辈都是军官，使得军职官员越来越多，大多变成闲差，极大地增加了国家负担。其次是改革不彻底。兵役制度上，世兵义务制已经不中用了但还不革除，另添募兵制；卫所制已经废弛，也不革除，另加镇守军制。结果是除了在开始阶段的改革还有效用之外，后面则效用递减，直至为零。废弛的卫所里，国家还照旧养着一群军官和家属，另外更大一群老弱残兵和家属也需要负担。实行募兵的时候，国家没有专项资金，只能靠增加赋税。由于募兵设镇和填充京营在制度上都属于临时措施，所以，凡事没有一定之规，在士兵管理和资金管理上都存在着日益严重的问题。随着明朝边境危机日趋严重，兵只能越募越多，但国家的资金有限（管理不善导致缺口更大），因此，用于每个募来的士兵上的钱只能日见其少，结果是募兵的素质也江河日下。
